Oddelenie sa nachádza v Gynekologicko- pôrodníckom pavilóne FN Trnava na dvoch poschodiach. K oddeleniu patrí aj Ambulancia pre deti s perinatálnou patológiou a rizikom, Izba matiek a Hniezdo záchrany. Novorodenecké oddelenie zabezpečuje komplexnú starostlivosť o zdravých aj chorých novorodencov. Je jediné novorodenecké oddelenie v Trnavskom kraji, ktoré má jednotku intenzívnej a resuscitačnej starostlivosti a transportnú jednotku pre novorodencov. Novorodenecké oddelenie FN Trnava transportuje „na seba“ chorých novorodencov z NsP Skalica a Piešťany, alebo na špecializované pracoviská v Bratislave.

Novorodenecké oddelenie v Trnave pozostáva z oddelenia pre fyziologických novorodencov a z oddelenia JIRS, kde sú nedonosení novorodenci, novorodenci s nízkou pôrodnou hmotnosťou, deti s infekciou, alebo s vrodenými chybami, deti s dýchacími ťažkosťami, šokom, ktoré vyžadujú umelú pľúcnu ventiláciu, deti s kardiologickým alebo tráviacim problémom. O všetkých týchto novorodencov sa stará kolektív erudovaných pracovníkov.
Pre včasnú diagnostiku a liečbu sú využívané prístroje, ako napríklad: EKG, pojazdný RTG, respirátory, monitory životných funkcií, infúzne pumpy a dávkovače, fotolampy, prístroje na meranie tlaku, žltačky, sluchu, očí a mnohé iné. Prístroje oddelenie získalo aj vďaka sponzorom a Vás všetkých, ktorí ste poslali Združeniu na pomoc novorodencom 2 % z dane, alebo ste inou formou nezabudli na najmenších pacientov v nemocnici.